ゲーム内には特定の手順を踏むと「剣聖のピアス」と「増弾のピアス」が入手できなくなるバグが存在します。これに関しては2012年5月16日よりニンテンドーeショップにて修正プログラムが配信されています。

2012年3月17日には、3DS本体（コスモブラック/フレアレッド）を同梱した「モンスターハンター3（トライ）G はじめてハンターパック」が、2012年11月1日には3DS LL本体（ブラック）に本作のダウンロード版をプリインストールした「ニンテンドー3DS LL モンス…

2011年9月13日より『おはよう忍者隊ガッチャマン』とのコラボレーションアニメが公式サイトなどで配信されました。2011年12月21日には出荷本数が、2012年1月には実売でも100万本を突破し、初のサード製3DSミリオンタイトルとなりました。

オリジナルデザインの3DS本体同梱のスペシャルパックや拡張スライドパッド同梱版が同時発売されました。e-CAPCOM限定でハンターフィギュア（ラギアクルス装備）とのセット予約販売も行われました。

3DSの下画面（タッチスクリーン）にマップやアイテムポーチなどが移動できるパネルカスタマイズ機能が搭載され、仮想の十字ボタンや、大型モンスターに視点が向くターゲットカメラも追加可能です。また、拡張スライドパッドにも対応しています。